Муниципальное общеобразовательное учреждение средняя общеобразовательная школа № 55 г. Иркутска была открыта в декабре 1989 г. (Решение исполнительного комитета Иркутского городского Совета народных депутатов № 16/33 от 05.01.1990 г.). Нормативная наполняемость школы – 1266 учащихся.

Микрорайон Университетский, в котором расположена школа, в начале 90 – х годов стремительно разрастался, вводились в эксплуатацию новые жилые дома, росло число детей школьного возраста. Школа № 55 несколько лет, до ввода в эксплуатацию Гимназии № 2, оставалась единственным образовательным учреждением микрорайона. В это время в школе обучалось около трех тысяч детей, занятия проводились в три смены.

В 1997 году в микрорайоне Университетский построено инновационное учебное заведение – МОУ Гимназия № 2. С 2000 по 2003 год в здании располагались 2 образовательных учреждения: школа № 55 и лицей Иркутского государственного университета. С 2000 года в школе располагался центр детского технического творчества «Левша».

Распоряжением мэра г.Иркутска № 203-02-544/10 от 15.07.2010 г. «О закрытии МОУ СОШ № 55 г.Иркутска на капитальный ремонт» школа № 55 закрыта на капитальный ремонт, который завершился 1 сентября 2011 года. В рамках ремонта приведены в соответствие с современными требованиями системы водоснабжения, освещения, канализации и вентиляции. Благоустроены и оснащены новым оборудованием школьная территория, спортивный зал и бассейн, столовая. Сейчас школа отвечает всем требованиям к школьным зданиям, изложенным в президентской инициативе «Наша новая школа». Контингент обучающихся в настоящее время насчитывает 736 человек.